أنشئت كلية الهندسة بعرعر مباشرة بعد تأسيس جامعة الحدود الشمالية وذلك بموجب قرار مجلس التعليم العالي رقم 1428/46/20 بتاريخ 1428/6/2هـ. تمنح كلية الهندسة خمسة درجات علمية للبكالوريوس في التخصصات التالية: الهندسة الصناعية والهندسة الكهربائية والهندسة الكيميائية والهندسة المدنية والهندسة الميكانيكية وجميع هذه البرامج معتمدة من هيئة ABET. تلعب كلية الهندسة بجامعة الحدود الشمالية دورًا هامًا في إعداد جيل هندسي مؤهل وقادر على دعم الصناعة والمساهمة في الثورة التكنولوجية التي تشهدها المملكة العربية السعودية اليوم وذلك من خلال استقطابها لنخبة من أعضاء هيئة التدريس المتميزين وتوفير أحدث المعامل والتجهيزات اللازمة. تعتمد كلية الهندسة في تدريس مقرراتها على أحدث الممارسات التعليمية عالية التأثير (HIPs) والتي من شأنها خلق بيئة تعليمية جاذبة للطلاب وبناء قدراتهم المختلفة ورفع التحصيل العلمي لديهم وتحقيق أقصى فائدة من وجودهم على مقاعد الدراسة وذلك لإعدادهم إعدادًا جيدًا لسوق العمل تحقيقًا لخطة الجامعة الاستراتيجية والتي تتخذ من رؤية المملكة منهجًا لها.